Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap juga menyediakan ruang Perinatal (kamar bayi) dan ruang NICU atau (neonatal intensive care unit) yang merupakan tempat khusus untuk merawat bayi baru lahir yang membutuhkan pengawasan ketat dari tenaga medis secara intensif. Ruang NICU dilengkapi berbagai perangkat medis untuk mendukung perawatan intensif bayi baru lahir.
