Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap menyediakan kamar bedah/ operasi yaitu ruang khusus untuk pasien-pasien yang memerlukan tindakan operasi baik cito maupun elektif, di bawah penanganan dokter spesialis bedah maupun dokter spesialis anestesi yang berkompeten dalam menangani kasus yang dialami pasien. Terdapat empat kamar bedah/ operasi yang dilengkapi dengan hepa filter dan peralatan bedah yang cukup memadai dan selalu dijaga kebersihan dan kesterilannya.
