Instalasi Bedah Sentral (IBS) merupakan salah satu dari sistem pelayanan kesehatan di Rumah Sakit guna memberikan pelayanan kepada pasien yang memerlukan tindakan bedah/ operasi, baik untuk kasus-kasus bedah terencana (elektif) maupun untuk kasus-kasus bedah darurat (emergency).
Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap memiliki fasilitas 4 kamar Operasi yang di lengkapi dengan HEPA filter dengan layanan 24 jam.