Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap senantiasa berupaya meningkatkan mutu pelayanan sesuai dengan standar dan prosedur yang telah ditetapkan oleh Pemerintah dan Perundang-undangan yang berlaku, dengan menjalani akreditasi yang dilakukan oleh lembaga independen penyelenggara akreditasi.

Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap melaksanakan akreditasi pertama kali pada tahun 1998 untuk 5 (lima) bidang pelayanan meliputi Administrasi Manajemen, Pelayanan Medik, Pelayanan Gawat Darurat, Pelayanan Keperawatan serta Rekam Medik; dan dinyatakan LULUS AKREDITASI PENUH berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan No. YM.00.03.3.5.800 tanggal 25 Februari 1999.

Selanjutnya untuk menjaga mutu pelayanan Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap tetap melaksanakan akreditasi secara berturut-turut sebagai berikut:

1. Tahun 2002 untuk 12 Bidang Pelayanan meliputi Administrasi Manajemen, Pelayanan Medik, Pelayanan Gawat Darurat, Pelayanan Keperawatan, Rekam Medik, Farmasi, K3, Radiologi, Laboratorium, Kamar Operasi, Pengendalian Infeksi Rumah Sakit serta Perinatal Resiko Tinggi, dan dinyatakan LULUS AKREDITASI PENUH TINGKAT LANJUT
   ★★★★★
2. Tahun 2007 untuk 12 Bidang Pelayanan yang sama dengan akreditasi tahun 2002, dan dinyatakan LULUS AKREDITASI PENUH TINGKAT LANJUT
   ★★★★★
3. Tahun 2011 untuk 12 Bidang Pelayanan yang sama dengan akreditasi tahun 2007, dan dinyatakan LULUS AKREDITASI PENUH TINGKAT LANJUT
   ★★★★★
4. Tahun 2017 AKREDITASI VERSI 2012 oleh KARS dinyatakan LULUS PARIPURNA
   ★★★★★
5. Tahun 2022 AKREDITASI SNARS oleh KARS dinyatakan LULUS PARIPURNA berlaku sampai dengan 14 Desember 2026
   ★★★★★