Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap adalah rumah sakit yang berada di bawah kepemilikan Yayasan Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap. Yayasan Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap (YARUSIF) yang berkedudukan di jalan Insinyur Haji Juanda Nomor 20 RT 001/009 Kelurahan Kebonmanis Kecamatan Cilacap Utara, Kabupaten Cilacap merupakan Yayasan yang didirikan berdasarkan peraturan perundang-undangan yang telah disahkan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor : AHU-709.AH.01.04 Tahun 2011, tanggal 1 Februari 2011 tentang Pengesahan Yayasan Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap dan Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor : AHU-53.AH.01.05 tahun 2014, tanggal 1 Juli 2014 tentang Persetujuan Perubahan Anggaran Dasar Yayasan Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap.
Yayasan Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap (YARUSIF) sebagai Yayasan yang bergerak di bidang sosial, semula adalah Yayasan Rumah Sakit Islam Cilacap (YARUSI) yang didirikan berdasarkan Akta Pendirian Yayasan Nomor : 55, tanggal 20 Juli 1983, yang dibuat dihadapan Notaris Endang Soedarwati, S.H., Notaris di Cilacap.
Pada awalnya Yayasan Rumah Sakit Islam Cilacap mendirikan sebuah Klinik Kesehatan/Balai Pengobatan pada tahun 1986. Balai Pengobatan tersebut secara perlahan tumbuh dan berkembang sehingga pada tanggal 10 September 1992 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia No: 0846/YK/RSKS/PA/IX/92 tanggal 10 September 1992 secara resmi menjadi Rumah Sakit dengan nama RUMAH SAKIT ISLAM FATIMAH CILACAP.
Adapun Organ Yayasan Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap berdasarkan akta Pernyataan Keputusan Rapat Pembina Yayasan Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap Nomor 20 tanggal 14 Februari 2017 oleh Notaris Ratih Setyowati, SH,M.Kn, susunannya adalah sebagai berikut :