Instalasi Gawat Darurat Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap di bawah tanggungjawab dokter yang kompeten di bidangnya dan didukung dengan tenaga perawat yang profesional. Instalasi ini dilengkapi dengan fasilitas penunjang yang lengkap untuk memberikan layanan yang cepat, tepat dan cermat serta terjangkau sesuai kebutuhan masyarakat secara terus - menerus selama 24 jam. Instalasi Gawat Darurat dilengkapi dengan layanan Ambulance untuk penjemputan pasien pada kasus-kasus kegawatdaruratan yang membutuhkan pertolongan segera. Penanganan kegawatdaruratan ditangani dengan metode triase yaitu suatu metode penanganan pasien yang dilakukan sesuai dengan tingkat klasifikasi pasien berdasarkan penyakit, keparahan, prognosis dan ketersediaan sumber daya.