Setelah pada tanggal 10 September 1992 Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap mendapatkan Ijin Operasional berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia No: 0846/YK/RSKS/PA/IX/92, selanjutnya Ijin operasional Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap sebagai berikut :
- Ijin Tetap Perpanjangan (I) berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia No : YM.02.04.3.5.5719 tanggal 15 April 1998
- Ijin Tetap Perpanjangan (II) berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia No : YM.02.04.2.2.304 tanggal 30 Januari 2004
- Ijin Tetap Perpanjangan (III) berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia No : HK.07.06/III/3669/08 tanggal 13 Oktober 2008
- Ijin Operasional dari Bupati Cilacap berdasarkan Keputusan Bupati Cilacap Nomor : 445/247/15/TAHUN 2015 tanggal 27 Maret 2015.
- Ijin Operasional dari Bupati Cilacap berdasarkan Keputusan Bupati Cilacap Nomor : 445/551/16/TAHUN 2020 tanggal 14 April 2020.