Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap senantiasa berupaya meningkatkan pelayanan sesuai dengan standar dan prosedur yang telah ditetapkan oleh Departemen Kesehatan.

Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap melaksanakan akreditasi pertama kali pada tahun 1998 untuk 5 (lima) bidang pelayanan meliputi Administrasi Manajemen, Pelayanan Medik, Pelayanan Gawat Darurat, Pelayanan Keperawatan serta Rekam Medik; dan dinyatakan LULUS AKREDITASI PENUH berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan No. YM.00.03.3.5.800 tanggal 25 Februari 1999.

Selanjutnya untuk menjaga mutu pelayanan Rumah Sakit Islam Fatimah Cilacap tetap melaksanakan akreditasi secara berturut-turut sebagai berikut :

1. Tahun 2002 untuk 12 Bidang Pelayanan meliputi Administrasi Manajemen, Pelayanan Medik, Pelayanan Gawat Darurat, Pelayanan Keperawatan, Rekam Medik, Farmasi, K3, Radiologi, Laboratorium, Kamar Operasi, Pengendalian Infeksi Rumah Sakit serta Perinatal Resiko Tinggi, dan dinyatakan LULUS AKREDITASI PENUH TINGKAT LANJUT.
2. Tahun 2007 untuk 12 Bidang Pelayanan yang sama dengan akreditasi tahun 2002, dan dinyatakan LULUS AKREDITASI PENUH TINGKAT LANJUT.
3. Tahun 2011 untuk 12 Bidang Pelayanan yang sama dengan akreditasi tahun 2007, dan dinyatakan LULUS AKREDITASI PENUH TINGKAT LANJUT.
4. Tahun 2017 LULUS AKREDITASI “PARIPURNA” .
5. Tahun 2020 LULUS AKREDITASI “PARIPURNA” .
6. Tahun 2021 LULUS AKREDITASI “PARIPURNA” .
7. Tahun 2022 LULUS AKREDITASI “PARIPURNA” .